是2009年最值得关注的技术之一。

除了ATGC的四种遗传碱基外，人们对第五种碱基甲基化胞嘧啶的兴趣越来越大。甲基化修饰的存在在DNA转录调控中起着重要作用，甲基化异常往往是许多疾病发生的原因。考虑到这种重要性，自然会有更多的方法来系统地绘制甲基化基团。甲基组这个词不太常见，指的是全基因组范围内的甲基胞嘧啶。

美国索尔克生物研究所的Joseph Ecker和他的同事们刚刚通过高通量测序绘制出了人类胚胎干细胞中所有甲基胞嘧啶的完整图谱。这是第一个哺乳动物甲基化的单碱基分辨率图，伴随着mRNA和小RNA以及一些组蛋白修饰的比较分析。他们发现胚胎干细胞中近四分之一的甲基化是在非cg环境下发生的，这表明胚胎干细胞使用不同的甲基化机制来影响基因调控。通过诱导胚胎干细胞分化，非cg甲基化在IPscs中被消除和减少。这张图谱为未来研究人类疾病和发育中的表观遗传修饰奠定了基础。

美国怀特黑德研究所的迈斯纳等人也绘制了类似的地图。他们使用高通量亚硫酸盐测序和单分子测序来生成覆盖大多数CpG岛的DNA甲基化图谱。他们发现，与基因组序列相比，DNA甲基化模式与组蛋白甲基化模式的相关性更好；CpG甲基化是一个动态的表观遗传标记，在细胞分化过程中发生大量变化。他们还发现，与胚胎干细胞和原代细胞的发育调节相关的“弱”CpG岛在体外增殖过程中经历了异常的超甲基化，这让人想起某些原发肿瘤。

此外，哈佛大学George Church等人、加州大学张昆和弗吉尼亚联邦大学Yuan Gao等两个独立研究小组将DNA重亚硫酸盐转化等传统甲基化学工具与靶向基因组捕获技术和高通量测序相结合。人类基因组甲基化的定量测定。

虽然甲基化图谱的绘制方法略有不同，但它们都使用亚硫酸盐转化，将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，然后在随后的扩增步骤中转化为胸腺嘧啶。这种方法虽然有效，但需要一些手工操作来确保通过计算分析进行完整的转换和映射。

2012年2月，英国牛津纳米孔技术公司的科学家提出，单分子纳米孔测序可以取代这种劳动密集型技术。该测序仪可直接区分未修饰的胞嘧啶和甲基化的胞嘧啶。当外切酶消化单链DNA时，单个碱基落入孔中，在那里它们立即与环糊精相互作用并阻断流经孔的电流。每个碱基ATGC和甲基胞嘧啶都有自己独特的电流振幅，因此很容易转化为DNA序列。这样，纳米孔技术可以直接读取第五碱基。

由于纳米孔测序仅限于短寡核苷酸，全基因组测序还有很长的路要走。还有一些技术障碍需要克服，比如确保碱基以正确的顺序进入纳米孔并从另一边退出。不过，如果成功的话，对第五碱基的直接测序可能会产生重大影响。

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