化学分类学是分类学的一个分支，它以生物的化学组成及其合成途径的特点为基础，借助传统分类学和相关学科，研究生物类群的特征、起源、亲缘关系和系统发育规律，在分子水平上探讨生物的进化。化学分类学这个名字是由荷兰生物化学家R. Heichenauer在20世纪50年代末创造的。20世纪60年代，由于植物生化资料的积累，对药物等轻工业、化工原料的需求和成功，特别是各种色谱分析方法和电泳技术的发展，以及植物分类本身获得更多特点，植物化学分类得到迅速发展。化学分类的研究内容可概括为：(1)科、属、种等不同分类水平上化学成分(包括主要成分、次要成分和特征成分)的特征和合成途径的比较研究。探索生物世界中各种化学成分的分布，研究生物体内化学成分的演化。(3)根据生物的化学组成及其合成途径，结合传统分类学和相关学科，研究生物类群的起源，如植物起源、动物起源、被子植物起源和哺乳动物起源。化学分类分为植物化学分类和动物化学分类。植物化学分类研究生物碱、酚类、-硫代葡萄糖苷、氨基酸、萜类、油脂等次生代谢产物在植物体内的功能、分布及其与其他性状的相关性。将植物次生代谢的分布规律应用到植物分类系统e69da5e887aae79fa5e9819331333264626531系统中，使分类系统越来越接近自然进化的实际情况。以植物界(主要是被子植物)各目科的精油和生物碱分布为基础的植物分类体系更接近植物自然进化的实际情况。动物化学分类学的研究历史较短，但也澄清了一些疑问。例如，鹳(火烈鸟)，鸟纲的一员，过去被置于鹳目或蚁形目，但鹳的外表和习性介于鹳目和蚁形目之间。经过20年的研究，采用酶法和电泳法对100种鸟类的蛋蛋白进行了分析比较，确定鹳是独立于鹳目和蚁形目的鸟类，并建立了鹳目。

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