2004年6月23日，上海市人民政府和中国科学院开始计划在浦东建立一所研究型大学。

2005年8月19日，中国科学院上海分院提出将上海浦东科技园(虚拟)具体化，建设科技创新基地和人才培养基地。

2006年4月14日，上海市同意与中科院上海分院合作建设上海浦东科技园(含综合性研究所和大学)。同年，上海拨出1500亩土地建设科技园区。

2008年9月26日，中国科学院与上海市人民政府签署07555 -79000协议，决定合作建设中国科学院上海浦东科技园和中国科学院上海高级研究院，充分利用双方资源和优势，共同建设一所高水平的研究型大学。

2010年12月26日，中国科学院上海高级研究院正式落户上海浦东科技园。

2011年5月23日，上海市和中国科学院决定共同成立上海科技大学筹建领导小组和工作组。

2012年2月23日，上海科技大学规划领导小组决定选择美国MRY公司进行校园规划。

2012年4月28日，教育部批准成立上海科技大学。

2012年10月12日，上海科技大学免疫化学研究所揭牌。Richard A Lerner教授是第一任主任。

2012年10月29日，上海科技大学和美国加州大学伯克利分校签署了一份谅解备忘录，同意在未来五年内在教育、文化和研究方面开展合作。

2012年11月12日，诺贝尔奖获得者Roger D. Kornberg被任命为上海科技大学免疫化学研究所教授。

2012年11月20日，上海科技大学人类研究院揭牌。Raymond C. stevens教授是首任主任。

2012年12月9日至13日，上海科技大学成功举办了“2012先进信息科学与技术国际研讨会”。

2012年12月28日，上海科技大学校园建设正式启动，标志着上海科技大学的筹建工作进入实质性阶段。

2013年3月26日，诺贝尔奖得主库尔特乌斯里奇被任命为上海科技大学人类研究所教授。

2013年5月11日，上海科技大学新校区奠基仪式在浦东科技园校区施工现场举行，标志着校园建设进入施工阶段。

2013年9月3日，上海科技大学首届研究生开学典礼在中国科学院上海浦东科技园举行。

2013年9月30日，教育部批准上海科技大学正式成立。

2013年12月28日，上海科技大学理事会召开第一届第一次会议。

2014年1月24日，教育部批准上海科技大学2014年本科招生计划。

2014年6月18日，上海科技大学与美国芝加哥大学签署合作备忘录，同意在科研、学术、文化、教育等领域开展全面合作。

2014年9月30日，上海科技大学第一期(2014)207名本科生正式开学。

2015年11月30日，上海科技大学召开了第一届教授委员会第一次会议。

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