1638年，康涅狄格州成为英国殖民地。一群英国殖民者漂洋过海，在昆尼皮亚克湾定居，这里逐渐发展成为繁荣的纽黑文新港。约翰达文波特牧师认为，教育将使欧洲文明在美国扎根，他提议在这里建立一所大学。虽然他的计划一再失败，但他的想法影响了该地区的许多人。1701年，由詹姆斯皮尔庞特(James Pierpont)领导的一群公教传教士说服康涅狄格州法院批准一所教会学校，让年轻人“可以学习艺术和科学……为了“为教会和国家服务”，受托管理学校的10位牧师从他们的小图书馆里拿出40本书捐给了学校的首都。1701年10月，神职人员选举哈佛大学毕业生亚伯拉罕皮尔森为第一任校长，教会学校正式成立。但直到第二年3月，这所学校才迎来了第一位学生，雅各布海明威。1707年，首批18名学生被授予学士学位。一开始，学校没有教学楼，学生分散在康涅狄格州的六个城市。耶鲁大学最初被称为“大学学院”，在其第一任校长亚伯拉罕皮尔逊的基灵顿(现在的克林顿)的家中开设。1716年，校园迁至康涅狄格州的纽黑文，至今仍在那里。1718年，英国东印度公司的高级官员伊莱休耶鲁向这所教会学校捐赠了9捆价值562英镑12先令的货物、417本书、乔治一世国王的肖像和纹章。这些东西现在看来都是非常普通的东西，但对当时尚在襁褓中的耶鲁却大有帮助。为了感谢耶鲁老师的捐赠，学校正式更名为“耶鲁学院”，即今天耶鲁大学的前身。从19世纪30年代到80年代，在伯克利主教、斯泰尔斯牧师和波特校长的不懈努力下，耶鲁逐渐从一所学院发展成为一所大学。到20世纪初，随着美国教育的迅速发展，耶鲁大学已发展到令人吃惊的规模。学校早期的课程侧重于古典学科，坚持正统的宗教观。1828年，美国在全国范围内提出大学课程应侧重于实用科目而不是古典科目，耶鲁大学校长J. Day发表了《耶鲁报告》为传统课程辩护的报告，该报告一直影响到南北战争之后，并减缓了实用文科课程在美国大学的引入。1908年，耶鲁开始不再要求学生修古希腊语课程。在哈德利的影响下，当时的a校长非常注重职业培训。在过去的300年里，耶鲁大学不断发展壮大，先后建立了医学院(1810年)、神学院(1822年)、法学院(1843年)、研究生院(1847年)、谢菲尔德学院(1861年)和艺术学院(1869年)。1887年，耶鲁大学在校长蒂莫西德怀特五世的领导下继续发展，并更名为耶鲁大学，以保持它是一所综合性大学的事实。其后又有音乐学院(1894年)、林业与环境学院(1901年)、公共卫生学院(1915年)、护理学院(1923年)和管理学院(1976年)。耶鲁学院，即耶鲁大学的本科学部，是美国历史上许多男校中最早于1969年招收女学生的。今天，在耶鲁大学斯特林纪念图书馆前，仍然有一张由林璎设计的女性书桌，以纪念耶鲁大学女性地位的解放。耶鲁和其他常春藤盟校一样，在20世纪初人为地增加了上层阶级白人基督徒学生在学生群体中的比例，是最后一所结束这种偏见的常春藤盟校(该政策于1970年结束)。

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