两个版本在情节上基本相同，不同之处在于：

按键系统：通关后，黑2获得“挑战键”，白2获得“辅助键”。在清除黑色摩天大楼的第5部分后，黑色2获得“摩天大楼钥匙”，白色2获得“树洞钥匙”。在抓住Reggie Lock后，黑2得到了“铁钥匙”，白2得到了“冰山钥匙”。

野精灵：小鸭鸭龙、跳跳猪、胖胖猪、卷耳、长耳兔、木棉球、风地精、哥特宝贝、哥特男孩、哥特小姐、毛茸茸的小鹰是《黑色2》的专属野精灵。

震动怪、尾巴喵、优雅猫、哑火骆驼、喷火骆驼、百合根娃娃、裙子小姐、单蛋球、双蛋球、人造细胞蛋、秃鹫小子是白2专属野生精灵。

特殊的精灵：

在4号公路上，黑色2号每周四有一个隐藏特征秃鹰，白色2号每周一有一个隐藏特征战鹰。

在小波湾，黑2每周一有一个隐藏特征的男性Chubby，白2周四有一个隐藏特征的女性Chubby。

在龙螺旋塔通关后，黑2可以捕获捷克ROM，白2可以捕获Rehiram。黑色sheikrem和白色sheikrem是sheikrem和捷克ROM或Rechram的组合，两种材料的组合没有限制。

在Dream Site通关后，Black 2可以遇见Ladeus, white 2可以遇见Ladeus。

在地下废墟中，使用黑2的“铁钥匙”打开雷吉斯奇勒斯的房间，使用白2的“冰山钥匙”打开雷吉斯的房间，两把钥匙可以交流。

完成黑色摩天大楼后，你可以获得一个闪亮的圆形陆地鲨鱼。完成白树洞后，你可以获得一条闪亮的迷你龙。

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